Desteklenen projeler sadece elektronik ortamda http://eteydeb.tubitak.gov.tr adresindeki çevrimiçi (online) uygulama Proje Değerlendirme ve İzleme Sistemi (PRODİS) üzerinden değerlendirilmektedir.
Desteklenmeye hak kazanan projeler için altı aylık dönemler halinde PRODİS üzerindeki Ar-Ge Yardım İstek Formu doldurularak elektronik ortamda Başkanlığımıza sunulur. Görevlendirilen izleyici, Ar-Ge Yardım İstek Formunu inceleyerek ve firmayı ziyaret ederek hazırladıkları değerlendirme raporunu Başkanlığımıza iletir. Yapılan harcamalar izleyici görüşü ve destek karar yazısı çerçevesinde desteklenir.
Projenin son döneminde, kuruluş tarafından proje sonuç raporu sunulur.
İzleyicinin firma ziyareti sırasında, firmanın proje hakkında sunum yapması; proje yürütücüsü, personeli ve varsa teknik danışmanlarının ziyaret esnasında bulunması beklenir. İzleyici, gerek duyduğu açıklamaları kuruluştan talep edebilir.