Ulusal başvurular iki aşamalı yapılacaktır. İlk aşamada ön proje başvurusu PRODİS üzerinden kuruluş bazlı önkayıt süreci tamamlandıktan sonra TÜBİTAK’a gönderilecektir. Ön proje başvurularının teknik uygunluk ve finansal uygunluk kontrollerinden oluşan ulusal ön uygunluk incelemesi yapılacaktır. Ulusal ön uygunluk incelemesi sonucunda uygun bulunan başvurular uluslararası değerlendirme aşamasına geçecektir. Eurostars programı kapsamında desteklenmesi uygun bulunup kabul davet yazısı alan projelerin ikinci aşama ulusal başvuruları PRODİS üzerinden TÜBİTAK’a gönderilir.